由于结石存留胆总管内，常引起胆总管的阻塞和梗阻，导致胆汁、胰液引流不畅，胆道感染甚至肝内感染，损伤肝脏功能，出现一系列症状，对人体造成许多危害：
一、腹痛和饮食下降
结石致胆总管梗阻引起上腹疼痛甚至阵发性绞痛，伴恶心、呕吐、腹泻、腹胀等，病人进食明显下降甚至不能进食。
二、并发感染
持续性的梗阻可引起胆道感染甚至出现急性梗阻性化脓性胆管炎、肝脓肿等，病人出现寒战、高热，重者出现感染性休克危及生命。
三、黄疸和肝功能损害
结石梗阻致胆汁引流不畅，出现胆汁淤滞肝脏肿大，损害肝功能，而感染又会加剧上述肝功能的损害。肝功能的损害又引发全身各个系统和器官的损害，如凝血障碍、低蛋白血症、肾功能损害、循环障碍等。
四、诱发急性胰腺炎
结石阻塞和刺激胆总管下端Oddi括约肌，引起胰液引流不畅和返流，诱发急性胰腺炎，严重者发生急性出血坏死性胰腺炎危及生命。
所以，一旦发现胆总管有结石尤其合并有症状者，均应积极进行有效治疗。