一般来说胆结石有两种分类方法，即按胆结石的成分及胆结石所在的部位分类。
一、按结石成分分类
胆结石就所含化学成分的种类而言都是相同的，包括胆固醇、胆红素、胆汁酸、脂肪酸、磷脂及多种无机盐等物质，但上述物质在各种胆结石中的含量差别很大，一般根据胆结石中胆固醇、胆红素含量的多少将胆结石分为三类：胆固醇结石、胆红素结石及混合性结石。
1. 胆固醇结石 结石以胆固醇为主要成分，胆固酵含量占80%以上。胆固醇不溶于水，其在胆汁中与胆盐、磷脂共同形成混合微胶粒或泡泡（vesicle）悬浮于胆汁中而不析出，身体中各种理化因素的变化可导致胆固醇析出而逐渐沉积形成结石。外观以圆形、椭圆形居多，表面光滑，大小不一，质地坚硬，呈浅黄色或灰黄色， x线平片不显影。
2.胆色素结石 结石以胆红素为主要成分，胆汁中的胆红素大部分为水溶性的结合胆红素，少部分可被水解为非结合胆红素（UCB），UCB可胆汁中的钙离子结合可形成难容的胆红素钙，正常情况下胆红素钙的沉淀-溶解保持平衡而不形成结石，当胆汁中UCB或钙离子任何一方的浓度的升高均可导致胆红素沉淀生成，形成结石。胆红素结石又可分为棕色胆红素结石和黑色胆红素结石。前者常呈泥沙样或胆沙状，数目较多，外表棕色，质软易碎，后者色黑，质地坚硬。
3.混合性结石 结石中胆固醇和胆红素含量比较接近，由于所含成分比例不同，可表现不同颜色和形状，一般多见的为球形或多面形，颜色有灰白色、黄色、棕色、黄绿色、黑色，剖面为层状，各层色调不一，因含钙盐较多，x线平片常可显影。
二、按结石所在部位分类
按结石所在的部位可以将结石分为胆囊结石、胆总管结石、肝内胆管结石三种。（可参照上图，详见“胆道系统是如何生长的？”）
1.胆囊结石 生长在胆囊内的结石，多为胆固醇和混合性结石，急性发作时可表现为胆绞痛或急性胆囊炎，间歇期可无症状或仅有“慢性胃炎”、“消化不良”等非特异性症状，有的仅表现为右上腹肿物，部分患者可伴随终生而相安无事。
2.胆总管结石 可原发于胆总管，或来自胆囊或肝内胆管，多为胆红素结石。几乎没有无症状者，胆管发生梗阻时可出现阵发性绞痛、黄疸、小便黄赤、陶土样大便，如继发感染可导致高热、昏迷等严重征象。
3.肝内胆管结石 发生在肝内胆管的结石，多为胆红素结石，感染是这类结石的主要原因，症状也是呈急性发作期及间歇期的反复交替。